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- 不使用"域"(domain)這個階層，而改用"超界"(superkingdom)；
- 採用七界(真細菌、古菌、原生生物、色囊藻、真菌、植物、動物)體系；
- 但是這個體系有非常多怪誕之處，因此我建議大家看看就好，不要急著採用：
A. 在沒有說清楚原因的情況下，這些作者把真細菌界與古細菌界擺在"原核生物超界"中。但多數的古菌明明就比較接近真核生物啊~ 那麼這個"原核生物超界"不就變成併系群了嗎？
B. Protozoa是一個多系群，為什麼還要繼續使用呢？(挨呀在此拜託所有編教科書的人不要再把Protozoa譯成原生動物了，它們不是動物界的生物呀~)
C. 動物界與領鞭毛蟲是姐妹群，但為什麼領鞭毛蟲被編入原生生物界中呢？
D. 色囊藻界本身就不是一個單系群，而且除了SAR之外的所有類群都還有分類歸屬不確定的問題；
E. 真菌的系統發育分析並不顯示從基部一分為二的結構，我不太理解為什麼真菌可以直接被分成兩個亞界？Eomycota明明就不是單系群；
F. 動物界的問題也超大的，例如硬骨魚這個clade不見了。肉鰭魚明明就包含四足類，結果被限用於腔棘魚和肺魚，使這個類群變成併系群。在水生脊椎動物這邊保留了一些過時的觀點，但是卻在陸生脊椎動物方面採用很多新穎的見解，例如把鳥綱直接降為爬行綱的成員。 - 我認為系統分類體系的翻新，應該要能解決問題，而不是製造更多問題。我認為這篇文章的貢獻在於解釋了許多高階分類群分類歷史的來龍去脈，但是最後所下的決定卻又沒有遵循現代系統分類學的最高指導原則：所有的高階分類群最好都要是單系群。如果違反了這樣的原則，這樣的分類體系翻新就變得沒有應用價值。因此我建議對這篇論文保持觀望的態度，在教學上我們只需要對各類群的演化研究進度保持關心，但是不需要馬上要學生"背下"分類體系，這樣沒有意義。
- 以下是我去除原核生物兩界以後，把各界重要階層的中拉對照列出來給大家參考：
始生蟲亞界 Eozoa
眼蟲次界 Euglenozoa
古蟲次界 Excavata (多數課本認為古蟲可被置於獨立的界)
肉質鞭毛蟲亞界 Sarcomastigota (變形蟲Amoebozoa在此被視為之下的一個門, 而不是獨立的界，而一般被認為是所有動物的姐妹群的領鞭毛蟲(Choanogflagellatea)被視為一個獨立的綱。)
色囊藻界 Chromista
不等鞭毛亞界 Hacrobia
SAR亞界 Harosa
囊泡蟲次界 Halvaria
有孔蟲次界 Rhizaria
真菌界 Fungi 雙核亞界 Dikarya
始菌亞界 Eomycota
植物界 Plantae 膽藻亞界 Biliphyta (含灰胞藻、紅藻等)
綠色植物亞界 Viridiplantae
綠藻次界 Chlorophyta
鏈形植物次界 Streptophyta (包含輪藻與所有胚胎植物=陸生植物)
動物界 Animalia (未置於任何亞界的類群)
刺絲胞動物門 Cnidaria
櫛板動物門 Ctenophora
絲盤蟲動物門 Placozoa
海綿動物門 Porifera
兩側對稱動物亞界 Bilateria
原口動物次界 Protostomia
(未置於任何超門的類群)
毛顎動物門 Chaetognatha
直泳動物門 Orthonectida
菱形動物門 Rhombozoa
蛻皮動物超門 Ecdysozoa
節肢動物門 Arthropoda
動吻動物門 Kinorhyncha
鎧甲動物門 Loricifera
線蟲動物門 Nematoda
鐵線蟲動物門 Nematomorpha
有爪動物門 Onychophora
鰓曳動物門 Priapula (=Priapulida)
緩步動物門 Tardigrada
冠觸手動物超門 Spiralia (= Lophotrochozoa)
棘頭蟲門 Acanthocephala
環形動物門 Annelida
腕足動物門 Brachiopoda
苔蘚動物門 Bryozoa
環口動物門 Cycliophora
內肛動物門 Entoprocta
腹毛動物門 Gastrotricha
顎胃動物門 Gnathostomulida
微顎動物門 Micrognathozoa
軟體動物門 Mollusca
紐形動物門 Nemertea
帚形動物門 Phoronida
扁形動物門 Platyhelminthes
輪形動物門 Rotifera
星蟲動物門 Sipuncula
後口動物次界 Deuterostomia
脊索動物門 Chordata
頭索動物亞門 Cephalochordata
尾索動物亞門 Urochordata
脊椎動物亞門 Vertebrata (=有顱亞門 Craniata)
無頷次門 Agnatha
有頷次門 Gnathostomata
條鰭魚超綱 Actinopterygii
軟質硬骨魚綱 Chondrostei
多鰭魚綱 Cladistei
全骨魚綱 Holostei
真骨魚綱 Teleostei
軟骨魚超綱 Chondrichthyes
板鰓綱 Elasmobranchii
全頭綱 Holocephali
肉鰭魚超綱 Sarcopterygii
腔棘魚綱 Coelacanthi
肺魚綱 Dipnoi
四足超綱 Tetrapoda
兩生綱 Amphibia
哺乳綱 Mammalia
爬蟲綱 Reptilia
鳥亞綱 Aves (恐龍的末端分支群)
鱷亞綱 Crocodylomorpha
喙頭亞綱 Rhynchocephalia
有鱗亞綱 Squamata
龜鼈亞綱 Testudinata
棘皮動物門 Echinodermata
半索動物門 Hemichordata
珍無腸動物門 (= 異無腸動物門) Xenacoelomorpha
